Nieodzownym elementem postępowania terapeutycznego w chorobach przewodu pokarmowego jest odpowiednie żywienie dopasowane do okresu choroby i jej postaci. Jak wskazują doniesienia, celowana probiotykoterapia może stanowić uzupełnienie standardowego leczenia i w sposób istotny wpływać na łagodzenie objawów związanych z chorobą. W przebiegu IBS, oprócz odpowiedniego postępowania dietetycznego (racjonalizacja żywienia np. wg standardów NICE, możliwość wdrożenia protokołu low FODMAP), zastosowanie konkretnych szczepów probiotycznych wpływa na łagodzenie objawów choroby. U pacjentów z IBD w porównaniu z osobami zdrowymi obserwuje się zmieniony skład bakterii w obrębie jelit, dlatego strategie mające na celu oddziaływanie na mikrobiotę wydają się uzasadnione.