Rola mikrobioty jelitowej w kształtowaniu odporności (cz.1)

Mikrobiota 

Przewód pokarmowy człowieka zasiedlony jest przez rożnego typu mikroorganizmy. Wszystkie te żywe organizmy nazwane są łącznie mikrobiotą, zaś terminem „mikrobiom” określa się zbiór genów reprezentowanych przez mikrobiotę. Mikrobiota to określenie używane zamiast dawnego pojęcia „mikroflora”. To niejednorodny ekosystem, złożony z różnorodnych mikroorganizmów, a w jego skład wchodzą m.in. bakterie, grzyby, drożdże, eukariony oraz wirusy – razem zawiera ponad 3 mln genów. Skład mikrobioty jest indywidualny i unikatowy dla każdego człowieka [1]. 
Rozszerzając interpretację tego pojęcia, mówi się o zbiorze wszystkich drobnoustrojów bytujących w określonym środowisku (organizmie człowieka – gospodarzu), w różnych jego tzw. kompartmentach: jelitowym (i układzie moczowo-płciowym), oddechowym i na skórze.
Oba terminy – „mikrobiota” i „mikrobiom” zostały zaproponowane w 2001 r. przez Joshua Lederberga dla określenia całości ekologicznego środowiska złożonego z drobnoustrojów komensalnych, synbiotycznych oraz chorobotwórczych, które dzielą z człowiekiem przestrzeń życiową. 
Definicje mikrobioty i mikrobiomu w podanym układzie zależności nie mogą więc być stosowane zamiennie [2–4].
Mikrobiota wykazuje ogromny potencjał metaboliczny, porównywalny do ludzkiej wątroby, i zawiera większy zbiór informacji genetycznej niż genom zasiedlanego przez siebie gospodarza. W stanach zdrowia wszystkie mikroorganizmy, w tym bakterie, znajdują się w stanie równowagi, który określa się jako eubiozę. W przypadku, gdy równowaga ta z rożnych powodów (np. choroba o podłożu immunologicznym, antybiotykoterapia, zmiana sposobu żywienia) zostaje zakłócona, występuje stan zwany dysbiozą. Przywrócenie eubiozy jest możliwe przez zastosowanie preparatów probiotycznych (probioza) [5]. Obok preparatów probiotycznych w odtwarzaniu eubiozy stosowane są także prebiotyki, synbiotyki czy eubiotyki. Istnieją obecnie dowody skuteczności działania u człowieka produktów przemian wewnątrzustrojowych mikrobioty (tzw. metabolomu) na oba bieguny osi jelitowo-mózgowej [6].
Wyniki ponad 7 tys. opublikowanych prac (lata 2010–2015) z tego zakresu pozwoliły na uzyskanie odpowiedzi na często zadawane pytania: jakie drobnoustroje zasiedlają przewód pokarmowy człowieka, jakie jest ich znaczenie, jaki jest genetyczny potencjał mikrobioty? [6].
Wśród mikrobioty jelitowej najlepiej poznane zostały cztery typy (podkrólestwa) bakterii: Firmicutes, Bacteroides, Actinobacteria oraz Proteobacteria. Do mniej poznanych, ale także tworzących mikrobiotę, zalicza się: archeony, wirusy oraz eukarionty włącznie z grzybami i pasożytami. Dwa rodzaje bakterii – Bacteroides i Firmicutes – mogą stanowić nawet do 90% wszystkich drobnoustrojów jelitowych. W populacji europej...