Mikrobiota jelitowa to grupa mikroorganizmów najliczniej bytująca na powierzchni błony śluzowej jelita grubego. Pełni ona wiele funkcji w organizmie, wspomagając go w utrzymaniu równowagi. Niekiedy w zakażeniach bakteryjnych, np. układu oddechowego, stosuje się antybiotyki, które mają na celu unieszkodliwienie drobnoustrojów patogennych. Dzisiejszy stan wiedzy pokazuje jednak, że antybiotyki wpływają niekorzystnie na mikrobiotę jelitową, doprowadzając do zaburzeń w jej składzie zarówno jakościowych, jak i ilościowych. Pośrednio mogą oddziaływać również na integralność bariery jelitowej i wpływać niekorzystnie na zdrowie człowieka.
