Mikrobiota jelit stanowi istotny element zdrowia człowieka. Jej skład jest unikalny dla każdego, ale może być regulowany przez dietę, geny, środowisko czy wiek. Dieta bezglutenowa przyczynia się do kształtowania mikrobioty jelit. Wykazano, iż u osób z celiakią charakteryzuje się ona mniejszą różnorodnością w składzie mikroorganizmów. Pojęcie prebiotyków, jako potencjalnego środka wspomagającego w leczeniu celiakii poprzez regulację mikrobioty jelitowej, staje się coraz bardziej istotne.