Pierwsze trzy lata mają kluczowe znaczenie dla tego, jak wygląda mikrobiota jelitowa przez resztę życia. Karmienie piersią jest jednym z najistotniejszych czynników kształtujących różnorodność mikrobiologiczną jelit w tym okresie. Pokarm kobiecy stanowi jedno z głównych źródeł bakterii w jelicie niemowlęcia karmionego piersią, a różnorodność mikrobioty mleka obejmuje aż 820 gatunków bakterii. Mikrobiota mleka kobiecego jest zmienna osobniczo i dotychczas poznano kilka czynników istotnie wpływających na jej kształt. Są to m.in. sposób karmienia, rodzaj porodu, dieta matki, BMI matki, stosowanie probiotyków w czasie ciąży.