Wpływ mikrobioty jelitowej na zaburzenia metaboliczne jest przedmiotem intensywnych badań naukowych. Znamy już niektóre mechanizmy warunkujące tę zależność. Jest to m.in. produkcja metabolitów powstających w wyniku fermentacji substancji prebiotycznych. Synteza SCFA wpływa na wydzielanie GLP-1, hormonu o dużym znaczeniu w leczeniu cukrzycy typu 2 i otyłości. Istnieją strategie oparte na dowodach naukowych, które wzmacniają korzystny wpływ mikrobioty na zdrowie metaboliczne. Są to m.in. diety bogate w prebiotyki i związki polifenolowe.